主人公·翔子是就读于流星学园中等部的中学生。和她很亲密的姐姐·响子，自从5年前去海外留学后就失去了行踪。某天，身份不明者突然袭击了翔子。袭击了她的是过去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下·邪精灵。于是翔子得知了雅典娜以及圣斗士、圣斗少女的存在，同时也知道了自己和姐姐的残酷宿命。灵魂被封印的邪神厄里斯即将复活，邪精灵们也变得活跃。在星矢等人展开银河战争以及与十二宫的恶斗的另一面，沙织和圣斗少女借助黄金圣斗士的力量，展开了与邪精灵的壮烈战斗！并且，恶之撒加也有了复活的征兆……。将一切的钥匙掌握在手的，是为了成为圣斗少女而刚刚开始锻炼的翔子！即使被残酷的命运击倒，少女们仍然反抗命运。少女们与诸神的壮烈战斗物语开幕！
大宫忍（西明日香 配音）是一位平凡的十五岁少女，黑瞳黑发，从头到尾，从里到外都是标准日本少女样貌的她，其实有过寄宿在英国家庭的经历。忍的个性成熟而又稳重，温文尔雅，但却又十分执着，有着自己的主意和想法，不会轻易动摇。 回到日本后，忍意外的收到了一封来信，写信的是名叫爱丽丝（田中真奈美 配音）英国少女，她是忍在英国寄宿家庭房东的女儿。爱丽丝告诉忍，这一次，她决定前往日本，来忍家寄宿。追随爱丽丝而来的，是她的青梅竹马九条可怜（东山奈央 配音），拥有典型外国人样貌的她实际上是混血儿。围绕着三位活泼可爱的少女，充满了快乐和温馨的校园喜剧正式拉开序幕。
事情起源于二十年前。大地隆起，日本的神奈川县在分离之后就被孤立。以后在神奈川出生的少数人就懂得运用阿尔达超能力。阿尔达超能力（Alter）是一种能够将物质分解再构成的力量……数马和刘鳯是对立的，因为所属的地方不同。数马是一个为了钱而生活的人，以自己的超能力来为自己获得金钱，从而满足自己的生活。刘鳯是一个为了找寻阿尔达结晶体，为自己的妈妈报仇而加入圣堂/神圣部队（HOLY）的人。圣堂是由阿尔达超能力者组成的警察部队，为了保护没有超能力者、制止超能力犯罪而设立，所以圣堂的人会捕捉周围土生的超能力者。该日数马和刘鳯的相见就是因为圣堂的一次行动而促成…………
