两岸分隔的数十年造成多少遗憾，一道海峡深深埋葬了多少真情，时代造成的悲剧，让江中鹤在婶婆临终前踏上寻亲之旅，也让他在台湾遇上一生的挚爱，然而，婶婆与叔公五十年的离别与相思，让中鹤面对真爱却不敢追寻，人们心底最深的秘密与矛盾，就在剧情里逐一展开。但是什么都挡不住两岸的人心求统一，血永远浓于水……
唐贞观初年，一系列带有神秘色彩的案件频发，先是操作死尸的傀儡术案，接着又是古老的汉代游侠刺客组织重现，利用木人诅咒以及山鬼和天雷等一系列围绕宫廷权贵和皇室秘史的灵异事件屡现。校尉尉迟方无法破案，“娘子军”统领平阳公主之女拂云也屡被卷入案中，幸得隐居于长安的青年才俊李淳风频频相助，利用中国古典医学、术数学、方技侦破案件。而在此过程中，李淳风也与拂云惺惺相惜，萌生爱意。然而为了完成和亲沙陀共讨突厥的使命，两人终以“参商星”喻之，天各一方。
何天心容貌清秀可人，个性叛逆，热心助人，活泼可爱，天不怕地不怕。从父亲所留之医书里学到粗浅的耆黄之术，在民间有『小华陀』之称号。为学正统宫廷医术，决心乔装成男医士，进宫习医。好打抱不平的个性让她结识了假太监张哲三和皇帝朱历，三人一同经历了镇南王叛变和汪公公的迫害，每每都凭自己过人的机智和高超的针灸医术度过难关。平时与张哲三打打闹闹，丝毫不查自己对张哲三的爱意，直到张哲三保护自己而遭砍伤，这才让天心发现，两人早在不知不觉间互相爱慕。被知晓女儿身身分后，皇上屡次为自己解危，但心系张哲三的天心，只能将皇上当成好兄弟，因为那独一无二的爱情，已经给了张哲三。但张哲三却因阴错阳差没当上护卫，而转为太监，但没想到执刀从未失手的净身员刘一刀，当天因为天心配错了药，而头昏眼花，竟然一刀落下刺中张哲三的大腿而非命根子。幸亏刘一刀一时失手，但张哲三从此也成了假太监～小三子。在陪同天心回乡替穷苦民众免费诊疗后，渐对这平时古灵精怪的天心改观，甚至产生好感，屡次不顾性命也要守护天心。因镇南王事件戴罪立功，哲三恢复男儿身，成为御前带刀侍卫，因某次救了游湖溺水的水灵公主，令水灵公主芳心暗许。在得知皇上对天心的爱慕之意，自觉身分配不起天心，便将自身感情隐藏心底，却不知这样若即若离的态度，同时牵动着天心和水灵公主。在得知天心为女儿身的身分后，故意加以隐瞒。天心过人的机智和勇气，不但替皇上拢络了宫中人心，也使皇上逐渐为她倾心。当皇上发现张哲三对天心有情时，不顾太后反对，执意要立天心为后，而三人之间的关系渐渐起了微妙的变化……另一方面，汪公公发现皇上与因有天心、张哲三相助，在朝中势力逐渐巩固，因此便与镇南王密谋伪造天文凶象，企图逼皇上退位。羽翼未丰的皇上，能顾全天心、张哲三，并拿回实权吗？
