末世降临，人类觉醒异能，对抗一个个高塔中的怪物。然而，有一个最强BOSS坐镇在高塔最高处——魔王·鸠命，他是人类无法逾越的天堑。一个个勇者们前仆后继，总以为自己就是故事中的主角，可主角光环从未在他们身上降临。当主角们失去了主角光环，就不再是主角。
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
