在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
延续安全警长啦咘啦哆与杜兵的破案日常，同时有了擅长各种高科技装备的新搭档小蝶的加入，先进装备的加持为案件侦破效率有了更大提升。各种反转故事结局让你意想不到，让我们继续守候。
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故事发生在水果世界之中。曾经，这里笼罩在宁静和祥和的氛围之下，直到有一天，守护着这个世界的七彩莲花被偷走了，噩梦开始了。邪恶的老板霸占了七彩花果山，在那里建造了一间水果加工厂，老板手下有着邪恶的四名爪牙，他们分别是天下无贼（李团 配音）、乱臣贼子（赵然 配音）、认贼作父和贼眉鼠眼（鞠月斌 饰）。每当工厂需要生产果汁时，四人便会触动抓来水果村的村民们将它们作为原料。英雄（赵然 配音）和无极（陈铁 配音）是果冻学园里两位德高望重的师父，他们深入敌后想要制服老板，却反而落入了陷阱之中。橙留香（陆双 配音）、菠萝吹雪（祖晴 配音）和陆小果（王巍 配音）三剑客为了拯救师父而踏上了旅途。
