在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦恼精灵为目标的史前大冒险！在冒险中他们不仅认识了强族先知和不那么平凡的原始人“阿焰”，还发现了烦恼精灵的惊天秘密，先知与超迷你战士是否能突破迷雾找到真相，打败烦恼，守护世界和平呢？
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继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
