天上掉下美少女的故事已经落伍了，今次是美少女破土而出！高中生御厨仁用古树的木材雕刻了精灵像木雕，本打算以此参加地区展览会。不想搬运中，木雕掉在地上，竟然突然变出一位蓝发美少女！这是怎么回事？漫画中美少女出现，住进主角家的荒唐剧情难道要发生在仁身上了吗？正当仁因这突如其来的变化而不知所措之际，少女开口说道：“吾乃产土神也。”这位叫做薙的少女自称是神灵显灵，手拿动画片中的魔法棒去消灭“秽”。但是无论怎么看，薙不过是个爱耍大小姐脾气的可爱女孩。仁，面对这位破土而出的少女，到底该怎么办？
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故事发生在人类和魔物共存的城市林德·沃尔姆，格伦（土岐隼一 配音）是活跃在此的一名新人医生。对于自己的事业，格伦有着崇高的追求，虽然年纪轻轻的他并没有什么丰富的医疗经验，但他总是用自己的一片真心去对待手下的患者，无论这些患者有多么的“奇形怪状”。 在行医的过程中，格伦结交了许多好友——深深爱慕着格伦的半人马千金大小姐缇萨莉亚（布里德卡特·塞拉·惠美 配音）、拥有动人歌声爱财如命的人鱼姬露菈菈（藤井雪代 配音）、成熟美丽却举止怪异的服装设计师阿拉涅（嶋村侑 配音）和拥有巨大的权利和极小的声音的龙女斯卡蒂（种﨑敦美 配音）。
《学姐是男孩》续作跃上大银幕，交织着成长痛的青春物语将划下感动终章。
