《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
收服十万年前的诸天大佬们为徒，并拯救她们，修复崩坏的时间线，高冷道尊带领女徒弟们的冒险旅程。
故事发生在一个图腾崇拜的时代，这是一片充满神秘色彩的远古大陆，这里有着各式各 样的生物与原始部落。图腾战士是这个世界里最受人尊崇的职业。他们拥有超越常人的力量与智慧，他们有着坚毅的信仰，他们用各自的方式与力量守护着自己的部落。主人公小鱼便是在这样的环境下成长起来的，即使自身条件不足，却仍以成为图腾战士为目标。在一次阴差阳错中，小鱼竟击败了一只剑齿熊；也正是凭借着这样的运气，他开始了自己的图腾战士之路……
小师爷充满智慧和勇气，梦想成为一名顶天立地的师爷，并得到《师爷宝典》。一个神秘人物出价黄金千两收购《师爷宝典》，形形色色的人为了得到千两黄金，纷纷赶往江南古城寻找《师爷宝典》，给江南古城和小师爷家带来了麻烦。小师爷顺藤摸瓜，找到了幕后神秘人，解决危机。
