在并不遥远的未来，人类文明高度发达，外星殖民不再是幻想。然而相对高度发达的科技，娱乐事业却受到前所未有的压制。艺能活动被认为具有蛊惑和腐蚀人心的恶劣影响而遭到当局禁止。好在渴望娱乐的种子仍在发芽，名为AKB0048的偶像团体志愿为所有蓝花星的人民送去快乐和梦想，她们顶住当局的压力举行非法演唱会，并公开招募第77期研究生。受到偶像感召，本宫凪沙（岩田华怜 配音）、园智惠理（渡边麻友 配音）、蓝田织音（仲谷明香 配音）、横沟真琴（三田麻央 配音）等满怀青春梦想的女孩相继报名。
升上二年级的泽村荣纯，终于拿下了春季甲子园的入场资格！目标仅仅是全国制霸！ ！名校终于复活。青道高中棒球社的极速进击开始！ ！
“你能，和我组一辈子乐队吗？”高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队，推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后，爱音不由自主地向她搭话……遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。
阿尔扎诺帝国帝国魔术学院的兼职讲师格伦·勒达斯是假自习之名行打瞌睡之实的惯犯。就算难得站上了讲台，他也是专搞直接把课本钉在黑板上之类的花招，耍废的程度连学生也不以为然。被这样的格伦惹恼的学生──有着“师见愁”之名的希丝缇娜·菲伊贝鲁向他提出了决斗。结果令人遗憾地，格伦以悬殊的差距吞下了败战……然而学校发生了前所未有的恐怖事件，学生也无一幸免地受到了波及。“不许伤害我的学生！”如此说的格伦于此时发挥了真正的本领！
