随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
以不列颠的统治为目标，为了确定王而准备的选定之剑。拔出此剑之人将被称作“亚瑟”，并获得强大的力量。 但，拔出Excalibur的不止一人。随着力量的大量产生，传说发生泛滥，并引发历史的歪曲。
「……原来我，可以活着呀。」明明能力值为零，却被选进勇者小队的芙兰姆。唯一拥有的是种名为「翻转」的莫名能力。果不其然，虽在战斗中完全派不上用场，仍不气馁努力为小队奉献。然而队中一位赫赫有名的天才贤者吉恩却看她不顺眼，不只动不动就找碴，最后甚至硬是把她卖给了奴隶商人。在奴隶商会内受尽折磨的芙兰姆，某天为了娱乐目的，即将沦为怪物的大餐。没想到，当她举起号称一拿到手就会将身体融化的「诅咒大剑」瞬间——她的人生急遽翻转。
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
忍法杀戮合战，再起。于庆长之世爆发的三代将军继承人之争，演变成为甲贺、伊贺的忍法杀戮合战，达到凄惨之极致。在凋零的花瓣当中，为爱而生的男子与女子，也梦幻而美丽地消逝——然而。根据经由服部半藏的继子·响八郎所流传的传闻，不知是瞬间还是永恒——由两片花瓣所诞生，残存的两个遗物。甲贺八郎、伊贺响。各自有着与父母相似的眼眸而诞生的宿命之子。时为宽永，太平之世。忍者已是无用之物，其末路只有隐入黑暗一途。为了凭借“血”与“力”使其基础坚如磐石，甲贺与伊贺的人们，对八郎和响寄予了某个期望。 “契约”——身为亲兄妹，二人背负了结下契约的宿命。被宿命所翻弄，在迷茫中生存的八郎，以及遵从自己深切的真情，为爱而生的响。二人编织的生存之路前方，诞生了未知的现象“樱花”，在那里，乱世之影渐渐逼近……
