《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
陈岛来到浩元大陆，发现自己竟是个零天赋的修行废材，好在觉醒了能改变时间的金手指。他本想利用改变万物时间的能力，暗中成长。然而随着家族内斗的爆发，身为少主的他自然无法置身事外。
叶凡与王腾双天骄宿命对决，北原王家来势汹汹，姬家老祖心怀鬼胎，姬紫月沦为家族联姻工具，叶凡身陷众矢之的。荒古圣体碰撞乱古传承，谁才具真正大帝之姿？
