很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了 。
大学教授广川诚司（小田切让）的妻子因病亡故，在葬礼的那天晚上，一位神秘女性拜访他，但完全看不到人。之后，广川所在大学的总长也突然去世，新总长的选举引发了一系列的猜忌矛盾，奇怪的事越来越多，甚至周围的垃圾堆裡还发现了尸体。而广川周遭的人也慢慢出现了违和感，暗自积极于总长选举的同僚， 妻子生前同事水岛丽（仲里依纱），恐怖与不安的气氛逐渐蔓延……
