《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
这一天，个性温柔的美少女万城目富美（高部爱 配音）即将开始崭新的高中的生活，此时，一个熟悉的身影出现在了她的视线中。名叫奥平明（仪部ゆう子 配音）的女孩，竟是富美分别了近十年的青梅竹马。这意外的相遇为久违的两人带来了小小的惊喜和快乐，而富美对小明的感情，也在相处的时日中渐渐明朗。爱哭的富美和活泼好动的小明，这一对性格迥异的好友能够终成眷属吗？同时，在外表成熟的井汲京子（堀江由衣 配音）的心中，学姐衫本恭己（石松千惠美 配音）的影子始终萦绕不散。在这所女子学校中，女孩子之间的感情，就像春天的野花，一点点的，逐渐的覆盖了荒芜的山脊。
19世纪英国—— 名门贵族凡多姆海夫家的执事塞巴斯蒂安·米卡埃利斯与13岁的主人夏尔·凡多姆海夫一起作为“女王的看门狗”承包了背面社会的污秽工作。 有一天，女王给夏尔寄来了一封信，信中说，在英国首屈一指的名门寄宿学校威斯顿公学上学的亲属德里克等多个学生失去了音信。 塞巴斯蒂安和夏尔为了调查事件潜入威斯顿公学。事件的真相是…？
