「……原来我，可以活着呀。」明明能力值为零，却被选进勇者小队的芙兰姆。唯一拥有的是种名为「翻转」的莫名能力。果不其然，虽在战斗中完全派不上用场，仍不气馁努力为小队奉献。然而队中一位赫赫有名的天才贤者吉恩却看她不顺眼，不只动不动就找碴，最后甚至硬是把她卖给了奴隶商人。在奴隶商会内受尽折磨的芙兰姆，某天为了娱乐目的，即将沦为怪物的大餐。没想到，当她举起号称一拿到手就会将身体融化的「诅咒大剑」瞬间——她的人生急遽翻转。
雷欧（小野贤章 配音）是一名号称世界最强的勇者，拥有强悍实力的他抵御了魔王大军的侵略，从邪恶的魔王手中拯救了世界。可是，当和平重新降临大地之后，雷欧的强大开始让人们感受到了威胁，最终，雷欧被忘恩负义的人类赶出了圣都，踏上了流浪的旅途。心灰意冷的雷欧失去了一切，兜兜转转之中竟然来到了战败的魔王军领地，在这里，他找到了未来的方向，就这样，雷欧隐瞒了自己的真实身份，加入了魔王军。魔界最强埃凯德娜（本渡枫 配音）、头脑聪慧但抗压能力极差的修蒂娜（伊藤静 配音）、单纯坦率的兽人丽丽（大和田仁美 配音）、沉默寡言的暗杀高手米卢涅斯（内山夕实 配音），雷欧决定帮助四天王一起重整魔族军队。
“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
