《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
景翰八年，武朝北地邻国酣战，南方暂安。宁毅与苏檀儿来到霖安城行商时突遇地龙翻身，匪寇十三军趁势攻陷霖安，致夫妻二人忽逢离乱。被俘虏的宁毅相继结识十三军头目刘西瓜、陈凡等人，他们彼此惺惺相惜，亦敌亦友。在家国纷争间，大儒卫道，豪杰并起，天下风云变……
