年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
没有人能够想到，曾经强极一时的帕尔斯王国，竟然也有濒临崩溃的一天。蛮族鲁西达尼亚的骚扰让王国中战事不断，与此同时，万骑长出人意料的背叛让帕尔斯王国的军队在亚特罗帕提尼会战中遭遇惨败溃不成军。亚尔斯兰（小林裕介 配音）是帕尔斯王国的王子，即使个性软弱，善良细腻，但他终究还是要背负起复国的责任。在孔武有力忠贞不二的达龙（细谷佳正 配音）的保护下，亚尔斯兰免于了被俘虏的命运，两人决定前往巴休尔山，寻找在那里隐居的智者那尔撒斯（浪川大辅 配音），那尔撒斯和亚尔斯兰的父亲曾经有过一段并不愉快的过去，如今，面对哀求的亚尔斯兰，他是否会不计前嫌，伸出援手？
