有一天，冲绳附近的海域出现了一种奇怪的生物。 “它”的外形类似于棘冠海星，它的毒液会伤害渔民，并迅速蔓延到整个日本。这是怪物达嘎拉 (Dagahra) 复活的预兆，达嘎拉是由传说中的古代文明 Nirai Kanai 创造的，作为解决环境污染的生物净化系统，但它失去了控制，最终导致了 Nirai Kanai 的灭亡。埃利亚斯姐妹察觉到地球危机，飞到石垣岛，那里出现了一只名叫 Gogo 的小生物，它来自 Nirai Kanai。大陆的盗猎者从 Gogo 尾巴上的装饰环得知那里有宝藏，一些当地女孩收养了 Gogo。艾利亚斯姐妹知道“尼莱卡奈遗迹中藏有可以打败达加拉的宝藏”的传说。少女们、艾利亚斯姐妹以及与姐妹们发生冲突的偷猎者兼黑仙女贝尔贝拉结成团队出海。在Gogo的引导下，Nirai Kanai的金字塔遗址从海中浮现出来。然而，当她们寻找宝藏时，达嘎拉降临石垣岛并开始肆虐，于是伊莱亚斯姐妹召唤了摩斯拉与他战斗。达嘎拉与魔斯拉在从石垣岛到西表岛的空中展开了战斗，之后又在金字塔遗址附近展开了海底战斗，魔斯拉被擅长海战的达嘎拉拖入海中。然后，达嘎拉将“它”——无数的贝伦——附着在魔斯拉身上，使她无法战斗。埃利亚斯拼命想要除掉附着在魔斯拉身上的贝伦，但是贝伦数量实在太多，根本无法除掉。摩斯拉陷入绝境，寻找宝藏已成当务之急。逃离遗迹中的陷阱后，少女们和偷猎者到达了一个大厅，那里有一幅 Nirai Kanai 公主的三维图像，告诉她们 Gogo 已经选择了少女 Shiori 作为宝藏的主人。然而，达嘎拉攻击了金字塔！金字塔倒塌后，魔斯拉能够利用戈戈的“生命之水”的力量去除附身于她的贝伦，她变成了彩虹魔斯拉，力量更加强大，并再次与达嘎拉战斗。形势已经和之前完全不同了，现在是摩斯拉占了上风。当达嘎拉再次潜入海中时，魔斯拉化身为水之魔斯拉，战斗转移到了海底。魔斯拉用屏障抵挡达加拉的攻击，并对达加拉发动强大的攻击。随后他化作分身形态，从达加拉体内发起攻击，一路击败了贝伦，最终导致达加拉坠落，并与金字塔一起消失。魔斯拉脱离海面之后，变回了原来的样子——彩虹魔斯拉，回到了婴儿岛，危机结束。
皮尔森（凯文•尼龙 Kevin Nealon 饰）带着家人来到郊外的别墅和弟弟一家一起避暑度假。一场看似普通的流星雨让4个带着可以控制人思维的高科技仪器企图侵略地球的外星人迫降在别墅的阁楼里。他们起初利用控制贝瑟尼（阿什丽•提斯代尔 Ashley Tisdale 饰）的男朋友里基（罗伯特•霍夫曼 Robert Hoffman 饰）悄然打入这家人中，可不料还是被皮尔森家的孩子们敏锐的觉察到。虽然家里的大人不相信小孩子们的说法，可孩子们还是渐渐意识到了家中阁楼上这四个外星人存在的巨大潜在危机，悄悄的团结在一起开始了一场人类保卫战。而那四个外星人也不甘示弱，面对孩子们制造出的各种新奇的小武器，他们用控制人思维的机器控制了家里的大人来反攻这些孩子们。可这四个外星人里有一个例外，就是技师斯帕克斯，原本就无心恋战的他更是机缘巧合的和汉娜结成了好友，弃暗投明的开始帮助皮尔森一家。面对强大的外星人入侵，孩子们能否把这场人类危机化险为夷呢？
这个故事展现了一段错综复杂的时间之旅中人物情绪的起伏，以及这段旅程如何影响着不同人物的命运。过去、现在和未来的冲突，以及对失去和悲伤的接受，构成了故事的核心，而怀表作为核心元素，则展现了时间的力量。这部电影讲述了悲伤的过程以及如何应对死亡。疯子杰克（大卫·凯特饰）渴望报复约翰·帕克（加布里埃尔·霍尔泽饰），却因此而身败名裂。另一方面，约翰·帕克接受了命运，学会了放手，最终找到了内心的平静。故事伊始，约翰·帕克注意到他的怀表停了下来。时间女士艾奥娜（娜丁·格罗辛格饰）向他解释了他怀表和另一块怀表的来历，并要求归还。在一段令人心碎的时光中，他得知了哥哥皮特·帕克（约翰内斯·维克饰）的死讯。从这一刻起，他开始了应对悲伤的五个阶段。他经历了否认、愤怒、讨价还价、沮丧和接受等阶段。与此同时，疯子杰克用另一块怀表回到了 1979 年。在那里，他请物理学家詹娜 (斯蒂芬妮·莱克瑟饰) 帮他修理在时间跳跃中损坏的怀表。他还带着皮特·帕克一起踏上了这段时间之旅，并将他囚禁起来，使他身受重伤。约翰·帕克仍然相信他的兄弟已经死了，在故事的发展过程中，他设法使他的怀表再次运转，并回到了 1979 年，在那里他必须面对疯子杰克和他的复仇行为。约翰能救他的兄弟吗？他能满足艾奥娜对两块怀表的要求吗？
