《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
奇利男谢洛（森久保祥太郎 配音）是大陆最强魔术士查尔德曼（中田让治 配音）的得意弟子，在获得了“钢之继承者”的名号之后，谢洛离开了牙之塔，化名欧菲踏上了寻找姐姐阿丽莎的旅途。虽然阿丽莎已经异形化，并且犯下了滔天的罪行，但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。在旅途中，欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥（大久保瑠美 配音），和非常崇拜欧菲，拜他为师的青年马吉克（小林裕介 配音），三人结伴而行，与此同时，欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友，决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
他们拥有梦想。总有一天，飞向广阔天空的梦想。知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。遥远的未来。人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。孩子们就住在那里。对外面的世界一无所知。对自由的天空一无所知。他们被告知的使命，只有战斗而已。敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。有一位曾被称作神童的少年。代号016。名字是广。但他现在却跌落谷底。是不被人需要的存在。如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。她的额头，长着两根艳丽的角。“——找到了哦，我的DARLING”
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
在美国西海岸的中心城市，憧憬着HERO的少年Joey一边打工，一边和祖母二人快乐地生活。某天，Joey捡到了一个破烂机器人玩具并着手修理它，然后为它起名叫“HEROMAN”。之后的某天夜晚，一度强力的闪电击中了Joey家，机器人玩具被雷光包围，化身成一个拥有电击能力的巨大机器人“HEROMAN”。然后，迷之生命体也开始了对地球的侵略。
