本剧讲述了在“机场占领事件”过去一年后，前刑警武藏三郎（樱井翔 饰）成为警视厅刑事部人质事件对策班（BCCT）搜查员，再次卷入前所未有的危机。东京都知事选举特别节目直播中，电视台突遭戴着妖怪面具、自称“妖”的武装集团占领，500名人质命悬一线，三郎的妻女也身陷其中。面对恐怖分子的威胁，三郎联手BCCT成员及警视厅新搭档，全力展开营救。随着“那个男人”的再度登场，一场暗藏巨大阴谋的极限战斗悬疑剧再度上演！
在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
