故事开展於清乾隆三十五年,正值乾隆六十大寿,一片太平盛世的景象。可是在故事的主要舞台,广州南屏县,气氛却异样地沉重,仿似如临大敌。上至两广总督,下至九品芝麻官却是人人自危,严阵以待。一切,就始於一场官史与状师的对决。眾官的对手,正是专门与官府为敌的荒唐状师,方唐镜。眾官员收到消息,方唐镜不日便会南下到广州。眾人商议后,决定将应付方唐镜之事交由九品芝麻官纳兰耿负责,只因纳兰耿的县衙有一秘密武器──他的女儿,人称玉面罗刹的纳兰青青。青青出生於官宦世家,父亲乃旗人,本为武状元出身,胸无点墨,青青受亡母嘱託,熟读律法,在背后助父断案判案,结果她做得比男子更好,让其父赢来不少名声,只有少数人知道,功劳归於背后的青青。青青为助父亲,平日无閒料理家务,无法过寻常女子生活,更耽误婚嫁,加上青青对男性要求甚高,更让婚期遥遥。
留美科学家蒋晋(陈欣健),终日埋首研究复制人,其妻无法忍受,决定携子下堂求去,蒋晋无法挽回,竟将儿子嘉伟(梁朝伟)复制,交给妻子带回香港。后来,蒋晋亦携子回港发展,与女医生程诗华(欧阳佩珊)合作开诊所。诗华自幼在孤儿院长大,后得电脑奇才刘汉忠(冯淬帆)帮助,完成医科课程。诗华除有自己诊所外,亦担任儿童院的义务医生。儿童院内有一性格孤僻之少年张嘉伟(梁朝伟),诗华觉他与自己童年时很相似,逐决心开导他。原来张嘉伟即蒋晋的复制儿子,原来其母去世后,他举目无亲,被送入孤儿院。院内另有一少年黄大勇,性情顽劣,诗华对他亦循循善诱。时刘汉忠与蒋晋正秘密研制复制人,一日,黄大勇撞车受重伤,两人见大勇将死,遂复制他作试验。期间,蒋晋亦发现了张嘉伟乃其复制儿子,更发觉他为人纯品、敦厚老实,与其自小缺乏教导,误入歧途的亲生儿子实有天壤之别。究竟蒋晋最后如何面对这两个儿子,而当复制儿子知道事实后,又如何面对自己的身分呢?
法政部的高级化验师Tim Sir(欧阳震华 饰)学识广博,有赖于他高超的物证检验手法,屡破奇案。手下兼好友阿Sam(林文龙 饰)亦是一名出色的法医,最近他准备和相恋多年的女友汀汀(钟嘉欣 饰)正准备结婚。阿Sam的好友Ivan(郑嘉颖 饰)刚从英国回来,在一次炸弹危机中安全引爆了炸弹了,令到Tim Sir对他另眼相看。这时,扫毒组的高级督察马帼英(佘诗曼 饰)和一班手下正在追查香港大毒枭戴贵,戴贵逼走了香港的另一个毒枭石头勇而独霸了整个香港市场。正当扫毒组和法证组合力追寻到戴贵的手下和国外毒贩交易,准备将得意洋洋的戴贵捉捕时,戴贵所乘坐的汽车竟然爆炸了。恰巧这时汀汀和Tim Sir的女友——重案组高级督察小柔(蒙嘉慧 饰)经过,爆炸令汀汀死去,小柔重伤。正准备结婚的阿Sam闻之消息后悲痛欲绝。帼英调到了重案组任职,她怀疑戴贵的爆炸案是石头勇回来报复所致,于是开始着手调查。正当案情胶着时,冥冥中阿Sam似乎得到了汀汀的提示,终于找到了石头勇犯案的证据…
特工编号C9的余小娇(高海宁饰)隶属的特工组织香港分部无故爆炸,小娇自此与总部失去联络。及后小娇下嫁忠厚老实的卖菜佬高大劲(马国明饰),每天忙着照顾大劲一班麻烦多多却温暖无比的家人,过了四年平凡幸福的师奶生活。没料到昔日的特工拍档B3(黎诺懿饰)突然现身,邀请小娇调查特工分部爆炸原因,以及找回分部被炸毁后失踪的VT神经毒剂。从此,小娇开始过着师奶及特工的双重生活。大劲无意中得悉小娇的特工身份,一时未能接受。冷战期间,大劲认清对小娇的感情,真心接纳小娇。未几,小娇发现B3竟是炸毁特工分部的叛徒,并利用小娇夺取VT神经毒剂谋利。小娇与毫无特工技能的大劲夫妻同心,携手对付B3,力保世界和平!
剧集分为八个单元故事,讲述马德钟所演的非常检控观带领一众团队,透过非一般的手法,为受害人寻求公义,带出非常检控观念。