第三部电影是在1994年拍摄的，这意味着它是第二部电影的前传。几个世纪前，他深爱的妻子希瑟去世后，康纳·麦克劳德离开苏格兰高地，在世界各地流浪。最后，他到达了日本，在那里他遇见了著名的巫师中野，他也是一名仙人。不久，他们成为了朋友，中野教授了一些技巧。但有一天，一个宿敌，凯恩来到日本，他愿意找到中野的洞穴并杀死他。虽然他成功了，但在切断了中野的头颅后，山塌了，凯恩被困住了。现在，几个世纪过去了，一场挖掘揭示了这一点。
水手邁克獨自開著船來到了偏遠的小島，在島上他遇見了一位美麗女子莉茲，雖然她始終不發一語，但那優雅且迷人的氣質逐漸吸引邁克，這也激起了他想好好認識這位神祕女孩的決心。而某日在海灘上看見的人魚尾巴，讓邁克決定調查出這謎團的真相，究竟這之間有何關聯？這座風光明媚的小島上，隱藏著什麼樣驚人的秘密？
拉姆·戈德斯坦 (Ram Goldstein) 和三位世界顶级天才受委托与其他精英科学家竞争，以创造第一台物质转移机器。艾哈迈德·阿米尔（Ahmed Amir）正在他的技术学院资助该计划。在设计该项目时，拉姆发现了时间旅行。然而，他也发现该研究所是一个极端恐怖组织的盾牌，意图将这项技术用作武器。拉姆的朋友被扣为人质，他被迫完成机器。与此同时，艾哈迈德计划回到过去杀死耶稣并阻止复活。在拉姆逃跑之前，艾哈迈德劫持了机器并派出了一支由布兰特率领的军队去杀死耶稣。他们的干涉导致所有的地狱都崩溃了，人类陷入了世界末日。
清康熙二年，八旗总教头高雄（高雄 饰）因触犯满汉通婚之法，被肃亲王指使蝙蝠法师（袁信义 饰）截杀，危急关头高雄绑架肃亲王的小贝勒出逃，岂料他意外将小贝勒勒死……十四年后，江湖上有“奇门”（梁家仁 饰）和“遁甲”（袁祥仁 饰）的师兄妹法力高强，虽然他们为人古怪但却不时造福一方，在奇门遁甲生活的镇上，就潜藏着隐姓埋名多年的高雄，高雄当年拾到一个孤儿“树根”（袁日初 饰），尽心尽力将其抚养成人。不久高雄身份暴露，蝙蝠法师再度追杀，并计划将树根伪装成昔日失踪的小贝勒，以便令自己控制朝廷。高雄力战蝙蝠法师身死，树根只得向奇门遁甲二人求助，随引发连场不可思议的法术对决……
