故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
《雏逻辑～from Luck ＆ Logic～》改编自卡牌游戏《Luck & Logic》，这款卡牌游戏曾在2016年1月播出一季度TV动画，是以主人公和搭档们与魔神的战斗历程为主线。而此次的新作动画则一扫前作风格，讲述战争结束之后，一所定理者学校内的少女们的故事。主体世界观和合体设定虽然不变，但是少了前作的紧张和热血，转变为了轻百合日常。
