孤峰追击

故事缘起三年之前，富二代曹元元（林峰 饰）曾因土地纠纷纵容手下杀害一名老人，事后他作为幕后主使锒铛入狱。服刑期间，元少饮食无忧，逍遥自在，随后又因表现良好即将提前释放。不久前才收到元少手下恐吓的老人的孙女廖雨萍（周秀娜 饰）认为背后必有隐情，于是前往廉政公署实名举报监狱涉嫌受贿。为了调查真相，廉政公署首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）故意危险驾驶被捕入狱，谁想此前被他亲手法办的不法警察黄文彬（林家栋 饰）也在此服刑，并且和元少各自率领敌对的帮派。 　　帮派乱战，陆Sir被迫卷入其中，而狱方躲在幕后暗暗操纵着一切……

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

妓女之子冲田勇（菅原文太 饰）自母亲死后堕入黑道，经过多年摸爬滚打，成为川崎黑帮泷川组重要人物。冲田因刺杀对立帮派头目入狱5年，出狱后恰逢日本战后经济复苏时期，社会乃至黑帮组织形式变化巨大。泷川组与矢头组合作共同掌管川崎。被组织抛弃的冲田重新集结当年的伙伴，向泷川组发动进攻，但很快招来无情报复。 　　另一方面，静观事态发展的矢头俊介（安藤升 饰）将受创的冲田众人招至麾下创立樱花会，同时借此良机联合关西最大帮派大和会摧毁泷川组。大和会势力由此渗入川崎地区。伤愈后的冲田不满矢头之行径，公开反抗大和会。大和会逼迫矢头铲除樱花会，为求自保，矢头无奈将枪口朝向冲田等人……