1614年，德川家康73岁，年迈的他为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了 。两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
在上一年的全国大赛中取胜的主人公·小野田坂道所属的总北高中。组建队伍的前辈们纷纷毕业、引退，作为新世代的队伍开始进发的他们，在互相刺激、支持、提升的过程中，顺利打入以连霸为目标的全国大赛。之后，决战之时到来。以夺回王座为目标的对手箱根学园、拥有怪物选手御堂筋的京都伏见以及全国的强豪们齐聚一堂，以优胜为目标展开激烈交锋！所有选手各自心怀的想法。身为直线奔驰的竞速选手，身为征服山路的攀登者，以及身为将队伍导向胜利的王牌……通向各自荣誉的终点线——“GLORY LINE”，最先通过的人究竟会是谁——？
