故事发生在一个虚构的世界之中，魔神即将从沉睡之中苏醒，世界将因此而成为鲜血和火焰的海洋，为了击败魔神使其再度沉睡，六名勇者被神意挑选了出来，他们的身上会出现花朵的纹章作为标识，人们称他们为“六花勇者”。然而，这一次，被选出的勇者却有七人，这也就意味着，性格奔放开朗的娜谢塔尼娅（日笠阳子 配音）、个性冷淡沉默寡言的芙蕾米（悠木碧 配音）、坚强的莫拉（佐藤利奈 配音）、拥有超高智商的汉斯（铃村健一 配音）、傲娇毒舌的茶末（加隈亚衣 配音）、成熟稳重的戈尔道夫（内山昂辉 配音）和胆小的洛洛尼亚（金元寿子 配音），在这些人之中，存在着一个叛徒。
自从王陆以灵剑派仙人为目标展开修行已经过了两年的岁月。他被赋予了“降临下界与俗世接触”的试炼，并前往自己出生的故乡。
高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？
