《小医生》是依据迪特里希·格吕纳麦耶教授(Dietrich Gr?nemeyer)的同名儿童读物改编,讲述了小医生的探险之旅。纳诺姐弟自幼失去父母,是爷爷奶奶带他们长大。爷爷山迪是园艺工人,在斯诺特教授实验室工作。斯诺特教授运用剽窃的缩微技术,可以将机器人缩小到纳米级别,植入人体后可以控制人类大脑。他借为山迪医治腰伤机会,将机器人植入山迪体内。恰好被来找爷爷的纳诺撞见......纳诺的同学莉莉请求纳诺帮忙复习生物课,他们发现爷爷行为怪异......
围绕蟹黄堡的神秘配方,痞老板和蟹老板展开了新一轮的战争。虽然海绵宝宝成功挫败痞老板的猛烈攻势,但是却依然中了对方的诡计。关键时刻,配方凭空消失,直接后果便是导致没人能再做出蟹黄堡。对于日常极度依赖蟹黄堡的比奇堡的居民来说,这一消息无异于晴天霹雳。小镇的宁静荡然无存,海底世界陷入末世般的混乱与动荡之中。由于搭救了痞老板,海绵宝宝被大家当作叛徒对待。危机时刻,海绵宝宝、派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章鱼哥得以穿越时空,并顺着蟹黄堡的香味来到了人头攒动的沙滩上。 在那里他们遇见了利用诡计偷走秘方的胡子海盗(安东尼奥·班德拉斯 Antonio Banderas 饰),于是一场蟹黄堡的攻防战由此展开……