动画片《阿贡》的主角是一只既可爱又厉害，长相好似恐龙幼崽的不明生物，故事讲述的是一只个子小小却长着一个大脑袋的阿贡在森林中玩耍、在原野上奔跑、在高山上冒险、在海洋中畅游的故事。阿贡有着健康强壮的身体，谁都无法伤害它，它惬意的生活在森林中。有着纯真的性格，经常与森林中的其他小伙伴快乐的玩耍，饿了会一起去寻找美味的果实、蔬菜、鱼虾。有着无所畏惧的勇气，遇到强大敌人的挑战也从没有过退缩，在遇到高山大河时敢于挑战。也有着贪玩贪睡的孩子气，在累了的时候它会拉着毛茸茸的朋友一起睡觉，享受伙伴带给它的温暖，会骑着狮子大象进行奔跑，享受速度带来的快感。有了它森林每天都发生着有趣的事情。
对橘纯一（前野智昭 配音）来说，能够默默的观望着前辈森岛遥（伊藤静 配音）的背影已经是一种莫大的幸福，可是随着毕业季的临近，橘纯一发现，对前辈的感情已经到了不说不行的地步，否则，他将永远失去这宝贵的机会。为了克服自己害羞的缺点，橘纯一决定增加和女性接触的几率。安静稳重的绚辻词（名冢佳织 配音），青梅竹马樱井梨穗子（新谷良子 配音），开朗率真的棚町薫（佐藤利奈 配音），温文尔雅的中多纱江（今野宏美 配音），在这些可爱女孩子们之间穿梭着，橘纯一慢慢变得游刃有余起来。圣诞节将近，在这个天时地利的节日里，橘纯一能否收获自己纯洁的初恋呢？
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
