故事发生在日本的明治末年，石川啄木（浅沼晋太郎 配音）是拥有着极高才华的歌人，遗憾的是，才华并不能当饭吃，石川总是苦苦的挣扎在贫困线上。为了赚钱，他将自己所住的公寓改造成为了一家私人侦探所，取名为啄木鸟侦探社，专门受理社会中的疑难杂案。个性温厚老实，总是毫无怨言的协助石川办案的金田一京助（樱井孝宏 配音）、东京帝国大学的高材生野村胡堂（津田健次郎 配音）、热爱文学，对一切都充满了好奇心的青年平井太郎（小野贤章 配音）、个性害羞软弱，却总是为朋友着想的萩原朔太郎（梅原裕一郎 配音），和石川一起探索各种怪奇事件真相的，是这些可靠而又善良的朋友们。
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。
