为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
西历2008年7月，因科学过度发展，威力强大的超磁力武器，在战争中被发动，地轴弯曲，地壳发生大变动，五大洲爆裂，陆地下沉，在一瞬间把一半的地球摧毁！ 20年后，在残留的小岛上，一直以为在大变动后世上只余下他与爷爷相依为命的少年高立，在偶然间，在岛上海滩救了有与动物沟通能力的少女罗拉，因为罗拉的爷爷是科学家，所以野心家们便想捕捉罗拉对其作出威胁。来到岛上的坏人杀害了高立的爷爷，并捉走了罗拉，因此高立便踏上了拯救罗拉的旅程。
