中国西南、与世隔绝、群山环抱中有个寨子，是个人皆长寿、规矩自成之地，清时皇帝赐名“长寿镇”。某日突爆传染病，地方官派医生（任达华 饰）前往诊治，他在镇子外发现奄奄一息的牛结实（黄渤 饰）。进寨后，往日温厚的村民一反常态，不仅对牛结实拒施援手、避若瘟疫，更迁怒于医生多 管闲事，老镇长（马精武 饰）亲自带着长寿镇医生（苏有朋 饰）和接生婆（梁静 饰）、油漆匠，老族长等人千万百计的阻挠医生对牛结实的救援，牛结实最终没能被救活，医生也找不到此人暴毙的原因。镇民们对医生的不欢迎不合作态度，令医生很沮丧，正当他准备离开的时候，无意中发现了一个被全镇民众一起隐藏在山崖上的一个秘密，带着重重疑惑医生决定暗中走访长寿镇，直到他偶遇一个男孩，长寿镇迷案的真相才一步步揭开……
故事围绕一个家庭展开，家庭的主角是一对母子，他们躲在地堡里幸存了下来变成了地球上最后的人类家庭，可是导致世界末日的缘由来源于他们二十年前的所作所为。
艾利克斯（Oliver Aquino 饰）是从菲律宾只身一人俩到台湾讨生活的技工，实际上，他远赴重洋只有一个目的，那就是逃避患有他孩子的女友，艾利克斯完全没有做好当爸爸的准备，每一天，她都生活在愧疚感之中。在台湾，艾利克斯邂逅了名叫杰瑞（苏达 饰）的男孩。和艾利克斯一样，杰瑞也有着自己的秘密，杰瑞是一名同性恋者，他生活在一个特别古板的家庭之中，所以，他的这个秘密是绝对不允许被泄露的，长久以来，这样遮遮掩掩的生活压得杰瑞喘不过气起来。艾利克斯和杰瑞一见如故，最终，他们得出了一个结论，两人痛苦的根源，都来自于他们的母亲，解铃还须系铃人，他们决定踏上寻母之旅。
