1940 年 6 月，法国中部村庄维尔纳夫因德军的到来而震动。奥坦斯、让、雷蒙德、玛丽当时都是普通的法国男女……他们会成为爱国者、叛徒、通敌者或抵抗战士。德国占领时期所实施的规则与公民抗命或秘密行动的规则相一致。我们感到恐惧，我们感到饥饿，我们以价值观和法国的某种观念的名义互相撕裂……或者有时仅仅是出于爱。
第三季故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推选为政治领袖（相当于总统）。但他大多数时间不是待在办公室里处理政务，还是率领军队顽强抵抗外星入侵者的一次次进攻。与前任Manchester博士比起来，Tom在对待外星人的态度上更具侵略性也更主动。查尔斯顿政府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系，Tom让「突击者」起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引发了一些人类的不满，两个种族的关系持续紧张。「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府与「突击者」起义军之间的联络人。无论人类还是「突击者」都明白，他们即便联手也很难打败强大的敌人——此前被第二独立团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni。虽然他们的君王已死，但另一个更强大、更邪恶的君王刚刚继承了统治权。更糟糕的是，一个全新的外星种族在双方激战正酣时抵达地球并迅速投身战场。
当一个间谍被解雇了，他们绝不会收到人事部门交来的《解聘书》，而是一个连他自己也不大清楚的"火线警告"……当特工Michael Westen (Jeffrey Donovan)在外执行任务的时候，他收到了一份"Burn Notice"，从此变成了被人遗忘的角色。Michael不知道自己究竟犯了什么错误，也不知道自己得罪了什么人，他回到自己的家乡迈阿密，决心找出事情的真相，为自己讨个说法。他已经无法再和以前那些眼线联络，而且得随时躲蔽间谍网络的搜索。为此，他利用自己的特工技能帮助当地警方解决棘手的案件，换取他们的信任，然后凭借警察的信息优势来秘密进行个人调查。
