故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。
这部影片是库布里克花了四年时间制作的充满哲学命题的鸿篇巨制。一块大黑石树立在史前人类的面前，他们刚刚开始认识工具，进入到进化的里程碑。同样的黑石还在宇宙多处出现，它们矗立在月球上，漂浮在太空中，带着某种神秘的寓意。现在的时间是2001年，为了寻找黑石的根源，人类开展一项木星登陆计划。飞船上有冬眠的三名宇航员，大卫船长（凯尔·杜拉 Keir Dullea饰）、富兰克飞行员（加里·洛克伍德 Gary Lockwood饰），还有一部叫“HAL9000”的高智能电脑。HAL在宇宙飞行过程中发生错乱，令到富兰克和三名冬眠人员相继丧命，剩下波曼和这台电脑作战。从死亡线上回来的大卫一气之下关掉主脑系统，HAL彻底失效。现在，茫茫宇宙中只剩大卫一人，向木星进发。穿越瑰异壮观的星门，大卫仿佛去到一个奇特的时空，那里有人类无尽的生死轮回和宇宙的终极知识……
利用《电子战场2》留下的片段和一条非常细的故事线，亚历克斯再次与1998年在非洲东部的机器人雇佣兵作战。这一次，亚历克斯发现她有20个半姐妹正在等她回到2077年。中央司令部希望亚历克斯被活捉并扫描，看看她的DNA是否比正常的DNA更强更有力。但是亚历克斯可能太苛刻了，不值得去捕捉。
一种神秘且邪恶的病毒袭击了位于丛林深处的某军事基地，它令被感染的人类惊魂失神，狂躁嗜血，大屠杀和血腥蔓延丛林之中。急救人员索尼娅（Hélène de Fougerolles 饰）和男友马克（Francis Renaud 饰）救出一名伤者，但是伤者身上出现的奇怪症状令他们恐慌不已。随车离开的女战士坚决要求抛弃伤者，她因此和索尼娅、马克发生争执。混乱中她乱枪击重伤者，而自己也死于枪战中。伤者的血喷溅到马克身上，使他受到病毒的感染。索尼娅独自驱车奔驰在大雪纷飞的崇山峻岭，带爱人寻找治疗和避难的场所。 在等待救援的过程中，马克的身体逐渐发生变化。面对正渐渐丧失人性的爱人，索尼娅不得不做出选择…
一群年轻的飞行员在加拿大荒野偏远地区，开始从无线电里听到奇怪的报告：飞机坠毁、汽车熄火，以及一场席卷地球的致命瘟疫。显然，地球正遭受着入侵。这群飞行员决定躲进森林深处的一间小屋里，等待即将到来的末日。
2307 年，一名未来士兵被派去执行追捕人形叛乱领袖的任务。
