在世界的每一个角落里，存在着这样一种生物：它们下等且奇怪，完全不同于任何动植物，自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。它们有自己的生命形态以及生存方式，而这些方式或许会影响到人类的世界。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究记录，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。故事主人公银古（中野裕斗 配音）就是这样一名四处云游的虫师，他一头银发，仅用一只眼睛视物；常常叼着一根烟，背着一个大行囊，翻山越岭，追寻虫的足迹。
故事发生在一个风景宁静而又秀丽的小镇上。富户桃子（立花理香 配音）是一个个性活泼开朗，天真可爱的女孩，只是有时候可能过于天真了，天真到有些天然呆的程度。涩泽涩美（岭内知美 配音）是桃子青梅竹马的玩伴，两人在小学时代就认识了。和桃子的热情不同，涩美的个性有些冷淡，但实际上内心里还是非常善良的。古井真由美（久保由利香 配音）是刚刚转来的转校生，特点就是拥有异于常人的粗眉毛，无论是长相还是性格都非常的人畜无害。故事就围绕着这三个女子高中生展开，每一天都日常都因为有彼此相伴而变得格外温馨
故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
