本片改编自花泽健吾的同名漫画，讲述了曾经辉煌一时的日本忍者，在战后被GHQ解散组织而消失，不过，他们潜伏在世界的所有机关，现代也暗中活动着，据说人数约为20万人。但基层忍者经常找不到工作，其中之一的云隐九郎（山崎贤人 饰）隶属忍者组织“NIN”的末端忍者（下忍），过着与啃老族无异的生活。一天，闲得发慌的他被判了一项重大的“忍务”，那就是调查战后70多年来一直潜入地下的某个组织的动向，其名为——“地下忍者”。忍术、智谋、最新科技等驱使了一切，从未有过的战斗现在开始。
探员丹尼（本·阿弗莱克 饰）在调查一系列银行劫案的过程中，发现一名如幽灵般的危险男子，惊觉案件和此人竟与其失踪女儿有关！在灵媒戴安娜（艾莉丝·布拉加 饰）的协助下，他尝试追查并拆解箇中谜团，却反让二人被该男子追捕。急于寻回女儿的丹尼顷刻堕入难以自拔的境况，然而事情发展将彻底超出意料，颠覆他对身边一切的认知……
