十年前，世界因为谜之大破坏现象而开始毁灭，与此同时出现了被称为“Order”的能力者们，他们是将自身的“愿望”转化为“能力”的人。而男主角“星宫エイジ”也是能力者之一，而他在十年前许下的愿望，正是“世界的灭亡”！？这是——由世界灭亡开始的故事。
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故事发生在上野公园内，这座表面上看起来平平无奇的公园内，其实隐藏了一个小小的正义团队“COLORS”，而团队中的成员，均为可爱活泼的小学女生。为了守护上野的和平，赶跑企图策划阴谋的坏人，三个女孩每一天都在努力着。结衣（高田忧希 配音）是COLORS的领队，拥有着凝聚人心的气场。虽然平日里是个性格十分胆小的好哭鬼，但一旦被惹怒，便会展现出非常恐怖的一面。小幸（高野麻里佳 配音）的家中经营着一间蔬果店。做事咋咋呼呼的她是身体比头脑先一步行动的类型，常常因此而惹出笑料。琴叶（日冈夏美 配音）是一个沉迷于游戏的宅女。
因为所在的波路中学倒闭，新学期一开始，先岛光（花江夏树 配音）和青梅竹马向井户爱花（花泽香菜 配音）以及好友比良平千咲（茅野爱衣 配音）、伊佐木要（逢坂良太 配音）转校至位于陆地的美滨中学继续学业。先岛和朋友们是生活在海底的海之民，传说很久以前人类全部始于大海，大有一部分人迷恋陆地的生活，而放弃了神赐予的“胞衣”。千百年来，陆之民和海之民在摩擦中共存，他们之间有矛盾，有误会，也有憧憬和向往。在新的学校，先岛和爱花结识了生活在海边的少年木原纺（石川界人 饰）。来自不同的种族，少男少女别样的青春故事就此上演……
那是在极限的世界战斗的人们之间牵绊的物语—— 存在于这一时空的，无数平行世界之一—— 在那里，人类驱使着被称作战术步行战斗机（战术机）的人型兵器，与敌对的地球外起源种「BETA」持续了长达数十年的战斗。被灭亡的危机逼入绝境的人类，在残酷的命运当中将会展现怎样的生存方式——
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
宇宙世纪0153年，这个时候地球联邦已经名存实亡，统治衰颓腐朽，宇宙殖民地纷纷脱离控制，地球圈成为诸多军阀逐鹿的场所；建立于Side 2的新兴国家赞斯卡尔帝国开始对地球的侵略，联邦军根本无法阻挡，只有民间军事组织“神圣军事同盟”还在坚持抵抗。出于一个完全偶然的机会，少年胡索·艾文成为神圣军事同盟的驾驶员，被赋予了最新锐的机体，V高达……
